「究極の肉体を持つ生命体として宇宙を支配する」という思想のもと、様々な星や生命を侵略してきたギガジーデス。次なる侵略地は…われらが地球…！人間の秘めたる力を求めるさなか、一人のスーパーヒロイン・フォンテーヌと遭遇し、その力を手に入れようとするジーデスだが、フォンテーヌの予想以上の強さに手を焼く。しかしジーデス幹部たちは、フォンテーヌの宿敵・魔王ブロディアの残留思念を察知し、その肉体を復活させる。ジーデス三幹部とブロディアは結託し、再び魔法美少女戦士フォンテーヌに襲いかかる！